為了獲得優質的顯微圖像，顯微鏡光學元件的清潔至關重要。髒的顯微鏡應予以清潔，以避免質量受到影響。如果你決定自行完成這項工作，應該極其小心，以免損壞靈敏的放大鏡顯微鏡光學元件。
1圖像質量不盡人意的原因
圖像質量未能令人滿意，原因眾多。如果你能夠排除照明不均勻或光闌設置不正確等錯誤的顯微鏡設置顯微鏡，接下來便是檢查樣品。如果樣品沒問題，檢查樣品載玻片和蓋玻片，必要時予以清潔。如果你仍然無法查明質量降低的原因，而且所用的浸鏡油正確無誤，那麼問題可能是顯微鏡本身存在污染物。
2用戶可以使用的組件
顯微鏡的一些組件，如濾色塊和內部光學元件，應由生產商的專家負責清潔，用戶切勿碰觸。其他容易變髒的組件可由用戶小心清潔，這些組件包括：
物鏡前透鏡
保護相機傳感器的玻璃罩，可能還有傳感器自身表面
聚光透鏡
目鏡透鏡
所有其他可以自由接觸的玻璃望遠鏡表面
清潔何處：1、物鏡前透鏡；2、相機傳感器防護玻璃罩；3、天文望遠鏡蓋玻片和樣品載玻片；4、透鏡安裝座；5、聚光透鏡；6、其他玻璃表面
3定位污染物
首先，你應該准確找出污染物的准確位置。顯微鏡相機上的污垢容易辨認，因為旋轉或移動相機時，圖像中污垢的位置不改變。如果它的位置的確改變，那麼污垢則位於其他部位。你也可以通過稍微轉動物鏡對其進行檢查。檢查顯微鏡的其他部件時，最好是正確地觀察它們。若條件允許，例如檢查目鏡時，我們建議在明亮均勻的背景前手持透鏡進行觀察。如果污染物隨組件移動而移動，一般可以認為它位於該組件上。
4清除污染物
污染物種類繁多。松動或非永久性污垢包括灰塵、皮膚碎屑或載玻片、蓋玻片破碎時的玻璃碎片，等等。頑固污垢一般分為水溶性和溶劑可溶性類別。然而，在實踐中，它通常是兩者的混合物。
清潔顯微鏡的目的，當然是為了恢復完美的圖像品質。因此，需要清除光學元件上的所有雜質，當然，不能損壞這些元件。問題是，清除特定類型污染物的最佳途徑是什麼?一般情況下，首先，找出污垢並仔細檢查。如果是污染較重，應當先清除松動的污垢，接著清除水溶性污垢顯微鏡，最後輪到只能用溶劑清除的污垢。
5用壓縮空氣清除浮塵，用清洗液清除固體污物
用脫脂棉從污垢中心向外打圈以擦拭透鏡上的污垢
如果顯微鏡光學元件上只有浮塵，最好是用壓縮空氣將其清除。這種方法特別溫和，可防止光學元件損壞。一般而言，小的鏡頭吹氣球足以產生所需的氣流。
當清除頑固污垢時，切勿使用產生摩擦的材料，如紙或超細纖維布，因為它們會損壞透鏡表面，產生劃痕。除了這點，切勿在頑固污垢干燥的情況下將其清除。另一個需要記住的關鍵點是，只可用純溶劑、蒸餾水和潔淨的工具。始終使用清洗液和合格的醫用棉簽或棉墊，以確保它們足夠清潔，而且不含有任何雜質。應避免使用含銨溶劑。它們會損害顯微鏡光學元件的抗反射塗層，並造成永久性損壞。也不可以使用丙酮清潔，因為它會損害顯微鏡的塑料組件。
清除水溶性污垢有一種非常簡單又溫和的方法，最好首先予以采納。向污染物吹氣，氣息中的水蒸氣可用於清潔。然後用脫脂棉從污垢中心向外打圈以擦拭污垢。這是最有效的污垢清除方法，可避免其在透鏡上擴散。
盡可能在使用過程中避免產生污染物。
顯微鏡使用後，用防塵罩蓋住。此外，應小心除去浸液物鏡上殘留的浸鏡油。如果你金相顯微鏡記住了以上提及的各點，正確並仔細地清潔光學元件，以便獲得最佳的圖像質量。
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