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顯微鏡的種類有很多，常見的有：光學顯天文望遠鏡微鏡、電子顯微鏡、探針顯微鏡等。
光學顯微鏡又有多種分類方法：按使用目鏡的數目可分為雙目和單目放大鏡顯微鏡；
按圖像是否有立體感可分為立體顯微鏡和非立體視覺顯微鏡；
按觀察對像可分為生物和金相顯微鏡等；望遠鏡
按光學原理可分為偏光，相襯和微差干涉對比顯微鏡等；
按光源類型可分為普通光、熒光、紅外光和激光顯微鏡等；
按接收器類型可分為目視顯微鏡、攝影和視頻顯微鏡等。
電子顯微鏡又可分為掃描電子顯微鏡、透射電子顯微鏡等。
探針顯微鏡，產品又包括掃描隧道顯微鏡、原子力顯微鏡金相顯微鏡、橫向力顯微鏡等。
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